由此引起的弊端在审判中早已暴露。尽管至今只有43家中级人民法院有权受理专利民事纠纷一审案件，但专利刑事一审案件却连基层法院也有权受理。曾有一家无权受理专利民事初审案件的中级法院终审以假冒专利罪判定一名非法制造专利产品的当事人入狱2年。[2]事实上《专利法实施细则》第84条规定的4种假冒专利行为并不包括非法制造专利产品。  

两高的司法解释第8条规定：“刑法第213条规定的“相同的商标”，是指与被假冒的注册商标完全相同，或者与被假冒的注册商标在视觉上基本无差别、足以对公众产生误导的商标”。确立本条标准避免了假冒商标侵权人借相似商标逃避法律责任，是立法上的进步。但“足以对消费者产生误导”是个不确定的主观标准，由商标局或者民事知产庭认定准确度较高。而刑事法庭习惯了分析盗窃、抢劫、诈骗、贪污，却难有审理商标案件的经验，更不用说在审判中扮演消费者的角色。要求刑庭法官分清“金日”注册商标与使用“金口”、“金目”、“金田”标志之间究竟是构成侵犯商标罪，还是定性为不正当竞争，恐怕勉为其难。

两高的司法解释生效后，许多按照原先标准的知识产权民事纠纷将撞上大幅下降的刑事标准。基层法院受理的知识产权刑事案件可能显著升高。这种现象将使法律在民事程序制度上精心设立的管辖权标准形同虚设。

除了技术力量和法官水平导致基层法院不适宜受理知识产权刑事案件以外，地方保护主义的干扰也是一个原因。基层法院由于体制等方面的原因，客观上难以摆脱地方政府和地方保护主义的影响。无论是权利人，还是刑事被告的合法权益难以得到保障。中国没有类似美国的巡回法院受理上诉案件，大量地由地方中级法院受理知识产权刑事终审案件，在审判的客观性和公正性上难以解除当事人的疑虑。

四、精神损害赔偿

知识产权作为特殊的民事权利，是包含了财产权和人身权的权力束。尤其对著作权人，作品中包含了自己的大量心血，权利人和作品之间往往有隔不断的“血脉关系”。按照一些欧陆版权权威的话，作品与作者间是“父子关系”。当著作权受到侵害时，权利人主张侵权人承担精神损害责任是合情合理的。

但是刑事诉讼法中规定了因发生侵害可以提起附带民事诉讼的民事权利包括物质损失，财产损失和经济损失，却没有包括精神损失。最高人民法院《关于刑事附带民事诉讼范围问题的规定》第1条也规定：“因人身权利受到犯罪侵犯而遭受物质损失或者财物被犯罪分子毁坏而遭受物质损失的，可以提起附带民事诉讼；被害人因犯罪行为遭受的物质损失，是指被害人因犯罪行为已经遭受的实际损失和必然遭受的损失。对于被害人因犯罪行为遭受精神损失而提起附带民事诉讼的，人民法院不予受理。” 2002年最高人民法院《关于人民法院是否受理刑事案件被害人提起精神损害赔偿民事诉讼问题的批复》更规定：“对于刑事案件被害人由于被告人的犯罪行为而遭受精神损失提起的附带民事诉讼，或者在该刑事案件审结以后，被害人另行提起精神损害赔偿民事诉讼的，人民法院不予受理”。根据以上法律规定，利用刑事程序虽然能更有力的遏制侵权行为，权利人却面临被迫放弃要求被告承担精神损害责任的权利，连要求对方赔礼道歉都成为不可能。从这一点来说，刑法对精神权利的保护远较民法为低。这对许多珍惜精神权利的受害人来说是难以接受的。两高的司法解释未能适时弥补这一缺憾，令人惋惜。

五、商业秘密的价值评估

两高司法解释第7条规定，侵害商业秘密，给商业秘密的权利人造成损失数额在五十万元以上，属于刑法219条规定的属于“给商业秘密的权利人造成重大损失”。给商业秘密的权利人造成损失数额在二百五十万元以上的，属于刑法第219条规定的“造成特别严重后果”。