相比之下，最高人民法院《关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第13条、第16条和《商标法》第56条，规定商标权人有权选择主张侵权人获利、权利人损失和法定赔偿中任意一种。尤其在侵权人因侵权所获得的利益或者被侵权人因被侵权所受到的损失均难以确定时，人民法院可以根据当事人的请求或者依职权，裁量侵权情节判决给予五十万元以下的赔偿。同时，该《解释》第17条和《商标法》第56条还规定权利人可以主张对侵权行为进行调查、取证的合理费用以及律师费用。这些费用按照刑事诉讼法的规定却又被排除在赔偿范围之外。由于最高人民法院在对商标法和刑诉法的司法解释中显然采取了不同的态度，法官在两者之间无所适从。

五、 审级与视野的冲突认定驰名商标需要很高的专业性。同时，商标驰名与否通常需要从全国地域角度加以考量，这决定了国家级机关才拥有足够判断高度、观察视角和权威性。限定国家级行政机关有权认定驰名商标是必要的。把认定驰名商标的重任放到基层法院，会造成地方法官经验视野与驰名商标认定的要求之间的冲突。认定驰名商标虽然以原告提交的证据为依据，但毕竟不可能象计算化学反应一样用公式进行准确判断。法官个人生活环境造成对被认定商标先入为主的主观印象，对认定驰名商标也起到潜移默化的心理诱导。比如山西的法官比四川的法官更容易认定醋产品的驰名商标，相反四川法官对辣酱的好感就很难在山西法官中得到认同。更何况大多数基层法官工作生活都围绕当地范围，对全国驰名商标的感性认知不足导致理性把握容易偏差。从逻辑和实际上看，普通法院在认定驰名商标方面的能力不如专司商标管理的商标局和商评委。商标行政管理机关比一般法院能更专业的把握认定驰名商标的尺度。作为专门的行政管理机关，只有工商总局商标局和商评委有认定驰名商标的权力，地方行政管理机关机关无权认定。但是按照商标权纠纷民事诉讼的相关规定，地方中级法院即有权认定驰名商标。而到了刑事诉讼，基层法庭就可以通过附带民事程序认定驰名商标，不能不说是违反逻辑的。无规律的权力降格对于整个认定驰名商标的级别体系具有一定破坏性，容易导致苦心营造的驰名商标认定和保护体系在权力主体问题上陷入混乱。除了技术能力和法官视野的局限导致基层刑事法庭不适宜认定驰名商标，地方保护主义也是不得不考虑的原因。一些地方政府出于营造政绩、支持地方品牌、振兴本地经济等考虑，可能通过各种途径推动基层法院把本地品牌认定为全国驰名商标。由于体制等原因客观上难以摆脱政府影响的基层法院在压力之下很难在审判中保持中立。  

六、法官专业能力的局限刑事诉讼法规定刑事诉讼的附带民事部分必须由审理刑事案件的同一审判组织审理，即使分开审理也不得另行组成合议庭。按照这样的规定，刑事法庭只要受理案件就必须包干到底，没有权力把认定驰名商标的职责转移给民事法庭或者有权行政机关。美国大法官霍尔姆斯有一句名言：“法律的生命不在逻辑而在经验。” 知识产权审判具有非常强的专业性和技术性，是对法官主观经验和判断能力的高度考验。对于涉及驰名商标案件的审判，不经过专门深造更难以正确把握。既然没有全科的医生，也就没有万能的法官。正如最好的心脏外科医生未必知道怎么拔牙，最好的刑事法官也未必知道如何审理涉及驰名商标的案件。严格限定必须由审理刑事案件的同一审判组织审理附带民事部分，却把刑事法官推到了不得不硬着头皮去认定驰名商标的尴尬境地。  

七、收费标准的冲突根据规定，商标局和商评委认定驰名商标的收费标准是每案5，000元。在民事诉讼中，由于认定驰名商标在性质上属于确认之诉，按照全国法院统一诉讼收费标准仅为50元。而根据最高院明文规定，刑事附带民事诉讼对当事人不收取诉讼费用！同样对于认定驰名商标的事实认定，遵循的也是同一标准，收费标准却从行政机关的5，000元收费，到民庭仅收50元的低价服务，再到刑庭令人感动的免费认定，不合理的差距如此之大，足以使人为法院抱不平，更使学界反思现行驰名商标认定制度中的若干规定是否合理。