由于商评委受北京法院管辖，2002年北京市高院颁布了《北京市高级人民法院关于执行〈最高人民法院关于专利法、商标法修改后专利、商标相关案件分工问题的批复〉及国际贸易行政案件分工的意见（试行）》。意见规定当事人不服商标评审委员会的复审决并提起行政诉讼的，由北京市第一中级人民法院管辖。与此同时，意见还分别规定：
1，对于人民法院受理的涉及专利权或注册商标专用权的民事诉讼，当事人就同一专利或商标不服专利复审委或商评委决定或裁定而提起诉讼的行政案件，由民事审判庭审理。

 2，涉及专利权或者注册商标专用权的民事案件已经审结，当事人就同一专利或商标不服专利复审委的无效宣告请求复审决定或商评委的裁定而提起行政诉讼的，该行政案件仍由审理原民事案件的民事审判庭审理。

3，人民法院受理的涉及当事人不服行政管理机关针对民事争议所作决定的行政诉讼，由行政审判庭审理。若当事人就此专利或商标不服专利复审委或商评委决定或者裁定又提起行政诉讼的，由民事审判庭审理。 

4，当事人不服专利复审委的无效宣告请求复审决定或者商评委的裁定，提起行政诉讼，在行政案件受理或审结后，又针对该专利权或者注册商标专用权侵权纠纷提起民事诉讼的，民事审判和行政审判应当保持协调。避免审判结果矛盾。