专利侵权合同抗辩是指专利侵权诉讼的被告，以其实施的技术是通过技术转让合同从第三人处合法取得的为理由进行侵权抗辩。此抗辩理由不属于对抗侵犯专利权的理由，只是承担侵权责任的抗辩理由。

技术转让合同的受让方按照合同的约定实施受让技术，侵犯他人专利权的，合同的转让方与受让方构成共同侵权。

在合同双方作为专利侵权诉讼的共同被告时，除合同另有约定外，在确定责任时，应当由转让方首先承担侵权责任，受让方承担一般连带责任。

专利侵权诉讼中的被告以合同抗辩的同时，要求追加合同的转让方为共同被告的，如果原告同意追加，则应当将合同的转让方追加为共同被告；如果原告坚持不同意追加，在合同的受让方承担侵权责任后，可以另行通过合同诉讼或仲裁解决合同纠纷。